La sélection en élevage canin

Objectifs de la sélection

La sélection a pour but d'améliorer ou de maintenir certaines caractéristiques chez le chien qui peuvent être :

- Morphologiques : taille, poids, type de poil, couleur, forme des oreilles, etc...

- Comportementales : tempérament, aptitude à la garde, chasse, travail, compagnie

- Physiologiques et sanitaires : longévité, résistance aux maladies héréditaires, fertilité...

L'objectif final est d'avoir des chiens qui correspondent au standard de la race tout en conservant une bonne santé.

Bases génétiques

La génétique en élevage canin repose sur :

a) Transmission des caractères

- Monogénique : un seul gêne contrôle le caractère

- Polygénique : plusieurs gênes interviennent

b) Types de gênes et d'allèles

- Dominant : s'exprime même si le chien n'a qu'un seul allèle

- Récessif : s'exprime si le chien a deux allèles identiques

- Codominance : les deux allèles s'expriment partiellement

c) Consanguinité et diversité génétique

- Consanguinité : reproduction entre individus apparentés. Elle augmente l'homogénéité mais si faite de façon trop étroite, elle favorise aussi l'expression de maladies héréditaires.

- Diversité génétique : essentielle pour la santé globale de la population

Outils de sélection

Si les indices de sélection sont une estimation très utilisée en élevage d'animaux de ferme, ils ne sont pas réellement utilisés en élevage canin. Quant aux cotations, instaurées par les clubs de race, elles sont basées de fait sur les chiens qui sortent en exposition canine, hors de nos jours, les expositions sont soient désertées soit très légèrement fréquentées souvent par les mêmes chiens et les mêmes courants de sang, ce qui limite grandement aujourd'hui la possibilité de comparer les reproducteurs ou de se fier réellement aux cotations.

Le choix des reproducteurs se fait alors selon 2 méthodes :

- Evaluer la valeur génétique additive d'un individu d'après son seul phénotype (sélection phénotypique)

- Evaluer cette valeur d'après l'examen du phénotype d'individus apparentés (sélection génotypique)

Méthodes de base (du choix des reproducteurs)

1) La sélection sur l'individu

C'est la plus ancienne méthode que de choisir de mettre à la reproduction les animaux paraissant beaux, sous-entendant l'idée qu'il existe une bonne corrélation entre le phénotype d'un individu et son génotype, ce qui n'est évidemment vrai que sur les caractères à héritabilité élevée, soit à partir de 0,4 (comme les caractères morphologiques). Cette sélection est celle la plus pratiquée, la sélection beauté étant importante dans cette espèce, même s'il subsiste toujours une incertitude dans l'évaluation de la valeur génétique des animaux.

2) La sélection sur l'ascendance

Le reproducteur est choisi d'après les performances de ses ascendants, ce qui suppose qu'un individu a de bonnes chances de ressembler à ses parents et grand-parents. En réalité, cette sélection est peu précise, encore moins que la sélection sur l'individu, et ne présente pas d'intérêt pour les caractères à héritabilité faible. Par contre, pour la beauté, elle peut s'avérer intéressante. Si cette méthode est souvent appréciée des éleveurs, cela s'explique par l'existence d'un taux de consanguinité important dans le chien, surestimant ainsi l'importance de la sélection par les ascendants. Elle reste une méthode de tri initial, le sujet devant faire ses preuves par la suite.

3) La sélection sur les collatéraux

Le candidat à la reproduction est choisi d'après les performances de ses frères et soeurs de portée, admettant ainsi que compte tenu de la parenté génétique existant dans une même fratrie, un individu a de bonnes chances de transmettre les qualités que l'on observera chez les collatéraux. La précision de la méthode augmente avec la taille de l'échantillon de frères et soeurs et devient même intéressante pour les caractères à héritabilité faible.

Chercher à obtenir des renseignements sur les demi-frères/demi-soeurs est également du plus grand intérêt. Attention, la sélection sur les collatéraux utilisée seule peut amener à de la sélection familiale, qui peut être dangereuse (consanguinité) et entachée d'erreurs (selon influence de facteurs de milieux propres à chaque famille). Il est préférable de combiner la sélection sur collatéraux avec la sélection sur l'individu et de retenir les meilleurs.

4 ) La sélection sur descendance

Le candidat est choisi d'après les performances de ses descendants, si possibles à partir de plusieurs portées issues de femelles différentes.

Cette sélection est la plus précise pour évaluer la valeur génétique d'un reproducteur mais elle reste difficile à mettre en place dans le chien, demandant de la patience pour voir évoluer au fil du temps la production de ce reproducteur. Elle demande aussi la capacité de faire passer au second plan les qualités du sujet lui-même pour véritablement étudier les sujets déjà procréés, ceux que l'on voit sur les rings d'exposition mais aussi et surtout ... les autres! et cette étude tiendra idéalement compte de la morphologie et des éventuelles anomalies ou affections héréditaires. Un éleveur transparent qui montrera tous ses chiots et non pas les plus jolis, sera un vrai plus.

Cette sélection est d'une vraie importance, et s'il n'est pas question d'abandonner la sélection sur l'individu, il faut cependant la remettre à sa place.

Sélection sur un seul ou plusieurs caractères

Si certains peuvent se limiter à ne sélectionner que sur un seul caractère, comme la dysplasie coxo-fémorale, laquelle est bien, rappelons-le, un caractère quantitatif à seuil ou encore la seule couleur, la plupart des éleveurs pratiquent la sélection sur plusieurs caractères.

Et si pour évaluer ses futurs reproducteurs, l'éleveur utilise une seule des 4 méthodes (sur individu, sur ascendants, sur descendants, sur collatéraux), il fait de la sélection simple. Les plus avertis feront plutôt une sélection dite combinée (intérêt des ascendants, puis contrôle individuel et pour aller plus loin étude de la qualité des descendants et des collatéraux) avant de choisir son reproducteur.

Si l'éleveur sélectionne presque toujours sur plusieurs caractères, il faut savoir que le progrès génétique est d'autant plus faible que le nombre de caractères à vouloir faire progresser est élevé. Pour conduire un schéma de sélection sur plusieurs caractères, 3 types de sélection sont possibles: la sélection alternative, la sélection à niveaux indépendants et la sélection sur index global.

Dans la sélection alternative, on travaille un caractère à la fois, dès qu'on arrive à ce que l'on souhaite on relâche la sélection sur celui-ci et on passe au suivant. C'est simple mais extrêmement lent avec un risque d'annulation des efforts précédents en cas de corrélation négative. Cette sélection n'a pas lieu d'être retenue.

Dans la sélection à niveau indépendants, on évalue la valeur la valeur génétique du candidat puis on fixe une valeur miminum sur plusieurs critères sous lesquelles on refuse de descendre. Un animal qui pourra s'avérer très améliorateur sur de nombreux caractères, sera néanmoins éliminé s'il est détériorateur pour l'un d'entre eux. une telle méthode est un véritable gâchis...le chien parfait n'existe pas et mieux vaut se concentrer sur ses nombreuses qualités que sur un défaut, exception faite bien sûr si défaut héréditaire invalidant.

La sélection sur index global est la seule à mériter d'être pratiquée (hormis exception ci-dessus). Elle consiste également à déterminer la valeur génétique additive du candidat à la reproduction pour chaque caractère sélectionné mais ensuite on pondère chacune d'entre elles (avec ou sans calcul de coefficients) en tenant compte de l'héritabilité du caractère, de sa valeur économique conjoncturel, et de l'existence d'une corrélation positive ou négative entre tel et tel paramètre. Le tout s'additionne et les animaux dépassant ce que l'éleveur a détermine comme son seuil de sélection sont conservés pour la reproduction. L'avantage de cette méthode est de "rattraper" un sujet déficients sur certains caractères, du moment qu'il est très améliorateur sur d'autres.

Ainsi lorsqu'un éleveur établit une longue liste de caractères qu'il souhaite améliorer, (tout en établissant des priorités en en choisissant un petit nombre sur lesquels il va porter ses efforts), évalue ensuite le mieux possible la valeurs des candidats à la reproduction, n'élimine pas un individu parce qu'il est détériorateur sur un caractère mais tient compte de sa valeur génétique d'ensemble, alors il est bien dans l'esprit de la sélection sur index global.

Utilisation des reproducteurs

1) L'exogamie (ou outbreeding)

L'exogamie est la situation où l'on ne pratique pas la consanguinité. Cette situation devrait être la règle, la consanguinité en constituant une sorte d'exception. En réalité, de nombreux chiens ont des ancêtres communs sur 5 générations, et peu de races sont aujourd'hui non consanguines. Pourtant théoriquement, la non-consanguinité correspond à la situation normale d'une race, malheureusement, beaucoup d'éleveurs n'ont pas su créer de progrès génétique sans réduire, souvent trop, la variabilité des populations.

L'éleveur dispose alors de 3 méthodes d'accouplement : les accouplements au hasard, l'homogamie et l'hétérogamie.

Les accouplements au hasard consiste à utiliser un mâle et une femelle jugés améliorateurs. On ne se préoccupe pas de savoir quel caractère l'animal est censé améliorer ou détériorer, l'essentiel étant qu'il soit globalement améliorateur. Cette méthode ne donne pas forcément de bons résultats sur toutes les portées mais permet à une population de progresser lentement sur un ensemble de traits, ce qui n'est pas l'objectifs de beaucoup d'éleveurs.

L'accouplement des meilleurs avec les meilleurs fait partie de l'homogamie (reproduction entre sujets qui se ressemblent). Pour un seul ou un très petit nombre de caractères jugés prioritaires dans son programme, l'éleveur recherche les mâles et les femelles les plus améliorateurs. Cette méthode permet de progresser rapidement mais peut accentuer le contraste avec les autres, en cas de corrélation négative.

L'accouplement des meilleurs avec les moins bons correspond à l'hétérogamie, la méthode visant à corriger les défauts d'un sujet en l'accouplant avec un partenaire censé les corriger. Elle ne permet guère de progresser mais vise à accroître l'homogénéité d'un élevage.

Homogamie et hétérogamie sont utilisés, souvent, consciemment ou pas, parfois en même temps, parfois à la suite. Ainsi un éleveur va vouloir progresser très vite sur quelques caractères, puis se préoccupera de corriger les défauts de ses animaux, sans régresser sur ce qui a été acquis.

L'exogamie n'a pas très bonne presse en cynotechnie; beaucoup d'éleveurs croient qu'on ne peut pas obtenir de bons résultats sans recourir à la consanguinité. Dès lors que le choix des reproducteurs a été convenablement effectué (là est en fait le problème), il est tout à fait possible de travailler en exogamie. Ce n'est, par contre, peut-être pas le meilleur moyen de produire des champions; là se situe probablement l'origine de la polémique.

2) La consanguinité

Méthode d'amélioration génétique qui consiste à faire se reproduire entre eux des individus d'une même famille, possédant une parenté plus ou moins rapprochée. Elle constitue un cas particulier de la sélection, l'un des critères de choix des reproducteurs étant leur parenté. Cette méthode a été très utilisée autrefois dans toutes les espèces, mais ne l'est plus guère aujourd'hui, mais elle garde la faveur des éleveurs de chiens, certains allant même jusqu'à dire que, sans consanguinité, il n'y a pas de sélection possible. La raison est que chez les animaux de ferme, l'objectif de la sélection est d'améliorer les performances de l'ensemble des animaux et ainsi la rentabilité de l'exploitation (peu importe à l'éleveur d'avoir un excellent sujet si le reste de son cheptel est médiocre). Chez le Chien, c'est souvent l'inverse, il est plus rentable de produire 1 ou 2 champions qui seront demandés pour la reproduction, que de disposer d'un ensemble d'animaux homogènes mais sans sujets se faisant remarquer dans les concours. Il est alors exact que la consanguinité, pour les caractères morphologiques surtout, augmente la probabilité de produire des sujets qui sortent du lot visuellement, si elle est bien conduite. Les effets de cette consanguinité (bons et mauvais) sont d'autant plus accusés que celle-ci est étroite.

Il existe 6 indications possibles de la consanguinité

a) Recherche d'une homozygotie maximum sur l'ensemble du génotype

Pratiquée dans le secteur des animaux de laboratoire, la recherche d'individus génétiquement identiques permet la répétabilité des expériences. Il a été possible de dépasser chez les souris les 250 générations d'accouplements frères x soeurs (mortalité considérable toutefois). Aujourd'hui, l'élevage particulier de ce secteur préfère utiliser des animaux du croisement de 2 lignées consanguines (semblables mais hétérozygotes) plus vigoureux que les consanguins eux-mêmes.

b) Recherche rapide d'une bonne homogénéité pour quelques caractères

Protocole de démarrage consistant à lancer des programmes de consanguinité étroite sur plusieurs lignées (afin de pouvoir éliminer les lignées qui extérioriseront des pathologies héréditaires ou subiraient une baisse trop importante de la fertilité et de la vigueur), consanguinité étroite qui n'excèdera pas 4 générations, l'augmentation de la mortalité avant sevrage étant presque inévitable. A l'issue de cette période, on croise les lignées consanguines entre elles pour enfin abandonner la consanguinité ou l'élargir.

Dans le Chien, cette méthode est difficile si l'éleveur n'a pas la possibilité de faire plusieurs lignées consanguines parallèlement et s'il le fait sur une seule lignée, il prendra de gros risques si des gênes défavorables s'expriment. Cette méthode doit donc être considérée comme d'exception et non préconisée de manière systématique dans le démarrage d'un programme de sélection.

c) Efforts de reproduction des caractères d'un individu remarquable, sans souci de fixation

Méthode utilisée par les éleveurs souhaitant commercialiser des animaux de qualité mais non susceptibles de transmettre leurs caractères. Cela consiste à utiliser un reproducteur consanguin, doté d'excellentes qualités, avec des sujets de plusieurs origines. Ce reproducteur consanguin, fortement homozygote, imprégnera sa descendance de ses propres caractères. Par contre, les descendants, mis à leur tour à la reproduction, risquent de reproduire une variation désordonnée, compte tenu de leur hétérozygotie élevée. Telle est l'une des explications à l'existence de champions, mâles ou femelles, dont la progéniture régresse vers la moyenne.

5) Entretien d'un cheptel en consanguinité large

Fréquent dans le Chien, ce système est intéressant pour conserver une bonne homogénéité, au moins du point de vue des caractères à héritabilité élevée ou moyenne, pourvu que l'on se situe à des niveaux de consanguinité peu importants.

Les règles sont très simples :

- recourir avant tout au line-breeding en tenant compte de la qualité des reproducteurs plus que le nombre exact de parenté qui les sépare

- éviter la consanguinité étroite sauf, très ponctuellement

- le cas échéant, pratiquer une retrempe avec un géniteur de l'extérieur (retrempe discrète avec une retrempe demi-sang ou plus importante)

Remarque : si l'on a pris soin dès le départ de partir sur des origines différentes, on peut conserver pendant longtemps une population en line-breeding, même sans retrempe.

6) Testage pour les gênes défavorables

Afin de savoir si un animal ne transmet pas de gênes défavorables, on l'accouple à un certain nombre de ses filles afin de vérifier que les petits sont normaux. Cette méthode n'a plus sa place dans l'élevage moderne, d'autant qu'un animal totalement indemne de gènes léthaux n'existe probablement pas (tout comme chez l'homme).

Remarque sur la place de la consanguinité en cynotechnie

La consanguinité a toujours eu d'ardents défenseurs et à l'inverse de farouches détracteurs.

D'abord, il est tout à fait possible de sélectionner sans recourir à la consanguinité, qu'elle soit étroite ou large. Si le choix des reproducteurs est bien fait, les résultats se feront sentir petit à petit, sur l'ensemble des animaux. Par contre cette méthode n'optimise la probabilité de produire des "champions" à répétition.

Ensuite, il est possible d'entretenir un cheptel en line-breeding pendant une longue période, même sans apport de sang étranger, ce qui permet d'homogénéiser les caractères.

En revanche, la consanguinité étroite ne constitue en aucun cas une fin en soi. Dès qu'elle est mise en oeuvre, l'objectif de l'éleveur doit être de l'abandonner le plus tôt possible. Ses résultats sont, dans une large mesure, imprévisibles et il y a toujours des risques à la tenter. Si certaines lignées ont des taux de coefficients très élevés, sans que des problèmes n'apparaissent, il en est d'autres où ils sont survenus très vite.

Consanguinité large ou étroite sont toujours à envisager dans le cadre d'un élevage donné et ne devrait jamais concerner une race dans son ensemble. Mieux vaut pour une race être répartie entre de nombreux élevages entretenus en consanguinité large mais isolés les uns par rapport aux autres (la retrempe peut alors s'effectuer sans problème entre un élevage et un autre), que de voir une consanguinité s'installer insidieusement sur une race dans son ensemble, conduisant de fait à une réduction de la variabilité génétique. Beaucoup de races de chiens connaissent cette situation préoccupante qui devrait susciter une véritable gestion génétique de la part des clubs, visant à conserver suffisamment de diversité génétique.

Ainsi il n'y pas à conseiller ou déconseiller la consanguinité à un éleveur dès lors que les risques éventuels ne concernent que son élevage. En revanche, on n'insistera jamais trop sur les dangers d'une réduction de la variabilité génétique liée à l'utilisation des mêmes reproducteurs mâles et de leurs descendants à l'échelle de l'ensemble de la race.